第 3 章 CI和git

导读：结合个人的常用git操作场景，梳理和总结了常用版本控制技巧，便于随时翻看和使用。

一些有用的自学材料：

Pro git book（Scott Chacon and Ben Straub）

• 第1章起步

• 第2章git基础

3.1 git配置

配置默认文本编辑器（text editor）。windows党还是自觉使用Notepad吧，免费又熟悉

• 下载安装Notepad++（默认安装路径）

• 打开GitBash，并输入如下代码

$ git config --global core.editor "'C:/Program Files (x86)/Notepad++/notepad++.exe' -multiInst -notabbar -nosession -noPlugin"

配置合并检查工具（mergetool）。这个必须要图形化GUI的，p4merge就是一个不错的选择。

• 下载并安装p4merge。默认安装路径为"C:Program Files\Perforce\p4merge.exe"。

• 打开GitBash，并输入如下代码：

$ git config --global diff.tool p4merge
$ git config --global difftool.p4merge.path 'C:\Program Files\Perforce\p4merge.exe'

$ git config --global merge.tool p4merge
$ git config --global mergetool.p4merge.path 'C:\Program Files\Perforce\p4merge.exe'

3.1.1 安装git bash

此步骤必须。

• 下载git bash到本地电脑

• 在本地电脑安装git bash——强烈建议默认安装路径。

3.1.2 申请github账号

• 进入github官网申请一个github账号。

建议使用高校邮箱如xxxx@nwsuaf.edu.cn，高校邮箱有福利（可以建立私有仓库啊，完成你的秘密项目）。

记得取一个简单好记的用户名；记得改一个有个性的头像。（后面协作开发项目的时候，可以更方便沟通和交流！）。

• 在Git Bash窗口，并输入如下代码（这是告诉git，我将以如下身份开始git之旅啦！）：

$ git config --global user.name "John Doe"
$ git config --global user.email johndoe@example.com

3.1.3 安装文本编辑器Notepad++

此步骤非必须，根据个人爱好而定。

配置默认文本编辑器（text editor）。windows党还是自觉使用Notepad吧，免费又熟悉

• 下载并在本地电脑安装Notepad++——强烈建议默认安装路径

• 在Git Bash窗口，并输入如下代码（这是告诉git，我将使用如下的默认文本编辑器）：

$ git config --global core.editor "'C:/Program Files (x86)/Notepad++/notepad++.exe' -multiInst -notabbar -nosession -noPlugin"

3.1.4 安装并配置合并检查工具——p4merge

此步骤非必须，看你是不是git重度用户。

配置合并检查工具（mergetool）。这个必须要图形化GUI的，p4merge就是一个不错的选择。

• 下载并在本地电脑安装p4merge。————强烈建议默认安装路径。

windowns系统下默认安装路径一般为"C:Program Files\Perforce\p4merge.exe"。

• 在Git Bash窗口，并输入如下代码（这是告诉git，我将使用如下的合并检查工具）：

$ git config --global diff.tool p4merge
$ git config --global difftool.p4merge.path 'C:\Program Files\Perforce\p4merge.exe'

$ git config --global merge.tool p4merge
$ git config --global mergetool.p4merge.path 'C:\Program Files\Perforce\p4merge.exe'

3.1.5 检查git配置信息

如果上述步骤都做好了，你可以系统地检查一下是不是git配置都正确（如你所愿）啦！

• 在Git Bash窗口，并输入如下代码（这是告诉git，请列出我所有的git配置信息）：

$ git config --list

经验法则：如果git操作中，出现了merge conflict，则需要用到p4merge进行冲突解决。

$ git mergetool

3.2 git常用命令

3.2.1 git界面命令

1. 如何查看git工作目录？在Git Bash窗口，输入并运行如下代码：

pwd

3. 如何退出当前列表？在Git Bash窗口，输入并运行代码q，可以直接退出当前的列表ls。

4. 如何退出Git Bash窗口？在Git Bash窗口，输入并运行代码exit，可以直接退出git Bash窗口

3.2.2 git查看提交历史

视图化查看提交历史、各个分支的指向以及项目的分支分叉情况：

$ git log --oneline --decorate --graph --all

或者简略查看历史提交记录：

git log --pretty=oneline

3.2.3 git文件及文件夹命令

1. cd: change directory的简写，改变目录的意思，就是切换到哪个目录下， 如 cd e:切换 E 盘下面的fff 目录。

2. cd ..: 回退到上一个目录。我们在写js，引入文件时，.. 表示的就是上一个目录, 所以 cd .. 回退到上一个目录就很好理解了。注意，cd 和两个点点..之间有一个空格,

3. pwd: print working directory, 打印工作目录，它会显示我们当前所在的目录路径。

4. ls: list, 列出当前目录中的所有文件， 只不过ll(两个ll)列出的内容更为详细。

5. touch: 新建一个文件如 touch index.js就会在当前目录下新建一个index.js文件。

6. rm: remove，删除一个文件, rm index.js 就会把index.js文件删除.

7. mkdir: make directory 新建一个目录,就是新建一个文件夹. 如mkdir src 新建src 文件夹.

8. rm -r : 删除一个文件夹， r (recusive 是递归的意思)， 删除用的就是递归，先删除文件夹里面的内容，再删除文件夹。 rm -r src 删除src目录。

9. mv 移动文件, mv index.html src index.html 是我们要移动的文件, src 是目标文件夹,当然, 这样写,必须保证文件和目标文件夹在同一目录下.

10. reset 清屏，把git bash命令窗口中的所有内容清空。

11. exit 可以直接退出窗口。

3.3 git仓库管理

3.3.1 基于本地项目创建

1. 准备本地电脑上的工作文件夹。例如，在d盘新建一个名为project的文件夹，那么工作文件路径就是d:/project/。

工作文件夹最好不要设在系统盘，如c盘。——系统重装可能就麻烦了！

文件夹命名不要出现中文。——编程世界中还是乖乖用英语吧！

2. 在Git Bash窗口，并输入如下代码（这是告诉git，请进入工作文件夹吧）：

git cd /d/project

3.3.2 基于Rstudio的本地项目创建

基本操作：

• 全新创建本地项目：Rstudio \(\Rightarrow\) File \(\Rightarrow\) New Project \(\Rightarrow\) New Directory

• 打开刚才创建的R project（xxx.Rproj），此时可以使用Rstudio自带的Terminal进行git指令操作。

• git初始化，完成第一次提交

# 初始化
$ git init -b main
# 添加变动
$ git add .
# 备注变动
$ git commit -m "First commit"

• 登陆你的github，并创建一个空的远程仓库repo（操作略，注意不要勾选添加任何文件，如gitignore类型或readme！）。并复制仓库地址（例如：git@github.com:user/your-repo.git）

• 将本地项目添加并推送到刚才创建的远程github仓库：

# 添加到远程仓库
$ git remote add origin git@github.com:user/your-repo.git

# 当然也可以随时删除
$ git remote rm origin

# 检查并确认
$ git remote -v

# 推送到远程仓库
$git push --set-upstream origin main

3.3.3 克隆(clone）在线仓库

如果你想学习并改进一个已经github在线的公开项目，你可以把它克隆下来：

1. 在github网站上找到自己喜欢的在线仓库，例如：https://github.com/huhuaping/team-students

2. 在Git Bash窗口，并输入如下代码（这是告诉git，请拷贝这个在线仓库吧）：

git clone https://github.com/huhuaping/team-students

3. 上述操作会在当前工作目录下创建一个名为 “team-students” 的目录，并在这个目录下初始化一个 .git 文件夹。

3.3.4 派生(fork)仓库

如果你想对一个公开项目（例如，https://github.com/huhuaping/team-students ）做出自己的贡献，你可以把它fork到你的github账户下。

1. 进入github官方网站，用你的账号密码登陆进去。

2. 在浏览器上新建标签页，找到你感兴趣的公开项目（例如，https://github.com/huhuaping/team-students ）。

你也可以直接搜索你感兴趣的任意公开项目

3. 对于这个你感兴趣的公开项目，点击网页上大大的Fork按钮。

4. 这时，你可以在你自己账户下的仓库列表中，看到刚才Fork的你感兴趣的项目。

5. 在Git Bash窗口，并输入如下代码（这是告诉git，请进入工作文件夹吧）：

git clone https://github.com/your-account-name/team-students

注意：这里的your-account-name是你github账户的用户名——因为你把别人的公开项目（派生）Fork到自己的账户下啦！

6. 进入工作文件夹。在Git Bash窗口，并输入如下代码（这是告诉git，请进入工作文件夹吧）：

cd  /d/projects/team-students

7. 新建一个名为git-intro的分支（branch），并检出（checkout）到这个分支。——这一步的意义以后再说吧。在Git Bash窗口，并输入如下代码（这是告诉git，请进入工作文件夹吧）：

git checkout -b git-intro

3.3.5 项目仓库版本控制

1. 对项目代码进行修改和完善。例如，

打开R项目文件team-students.Rproj，运行Rstudio 修改其中Rmarkdown文件02-git-team-intro.Rmd的内容，例如增加一行代码。 保存（save）好修改。

2. 暂存（stage）修改。在Git Bash窗口，并输入如下代码（这是告诉git，把这个文件暂存stage起来吧）：

git add 02-git-team-intro.Rmd

3. 提交（commit）修改。在Git Bash窗口，并输入如下代码（这是告诉git，提交修改，并附注一条信息add a new line）：

git commit -m 'add a new line'

4. 推送（push）修改。在Git Bash窗口，并输入如下代码（这是告诉git，把我们的修改推送到github云端去吧）：

git git push origin git-intro

3.4 git分支操作

3.4.1 推送本地新建分支

参考

1. 新建并检出到本地分支（local branch）

$ git checkout -b dev
  Switched to a new branch 'dev'

2. 查看远程分支（remotes）

$ git remote -v

3. 设定上游分支（upstream），以后就可直接推送：语法为git push -u <remote> <branch>

$ git push -u origin feat
$ git push

4. 查看上游分支的引用关系

$ git branch -avv

3.4.2 合并分支branch

$ git checkout master
$ git merge hotfix

3.4.3 修改分支名称

缘起：历史上github默认的主分支为master，而目前则默认主分支为main。

相关操作可参看

• 博文1

• 博文2

# 修改本地分支名称
$ git branch -m master main

# 修改远端分支
$ git push -u origin main

# 修改默认设置分支（此步骤也可登陆github账号进行设置）
$ git symbolic-ref refs/remotes/origin/HEAD refs/remotes/origin/main

# 删除旧的远端分支
$ git push origin --delete master

3.4.4 删除本地分支

$ git branch -d branch_name
$ git branch -D branch_name

参看队长问答How do I delete a Git branch locally and remotely?

3.4.5 删除远程分支

$ git push <remote_name> --delete <branch_name>
$ git push <remote_name> :<branch_name>

说明：remote_name一般为origin。

参看队长问答How do I delete a Git branch locally and remotely?

3.4.6 无法把本地repo推送到远程repo

这种情形下，直接push会提示如下报错：

git error: failed to push some refs to 'https://github.com/

问题可能有多个：

• 没有进行远程设置。可以通过如下代码查看是否进行了远程设置。

# 正常情况下显示结果如下：
$git remote -v
myOrigin ssh://git@example.com:1234/myRepo.git (fetch)
myOrigin ssh://git@example.com:1234/myRepo.git (push)


# 否则就应该进行远程设置：
$git remote add origin ssh://git@example.com:1234/myRepo.git

• 然后再进行推送：

# origin是远端，master是本地分支
$git push origin master

• 可能还会报错，比如提示远端在本地前面。因此需要pull-merge-mergetool，来实现更新步骤。下面给出处理办法（参看Dealing with non-fast-forward errors）：

# 报错信息
 ! [rejected]        master -> master (non-fast-forward)
error: failed to push some refs to 'git@github.com:huhuaping/netlify.git'
hint: Updates were rejected because the tip of your current branch is behind
hint: its remote counterpart. Integrate the remote changes (e.g.
hint: 'git pull ...') before pushing again.
hint: See the 'Note about fast-forwards' in 'git push --help' for details.

# 同步远端和本地
$ git pull origin master

# 如果显示冲突conflict，则利用合并工具处理
$ git mergetool

3.4.7 分支push找不到上游分支

如果是本地新建分支，则需要设定上游分支，否则push就会报错：

# 报错信息。
$ git push
fatal: The current branch dev has no upstream branch.
To push the current branch and set the remote as upstream, use

处理办法是：

$ git push --set-upstream origin dev

3.4.8 回到远端状态

回到远端状态（例如，本地已提交，但是push提示合并冲突时，想把本地pull为远端状态）。参看队长问答

git reset --hard origin/<your branch>

如果要撤回到到指定的过往提交（commit）点，则使用命名：

git reset --hard origin/<your branch> e75862c

3.4.9 放弃本地的修改（未提交）

参看队长问答.

#删除remove所有untracked files
git clean -df

#清除clear 所有untracked files
git checkout -- .

#保存痕迹
git stash save --keep-index --include-untracked

# 不保存痕迹
git stash save --keep-index

3.4.10 删除已提交记录中的文件并添加到ignore列表

Rstudio默认会添加一些排除文件给.gitignore（合理的），但是如果用户之前就已经在远端repo上提交过这些排除文件，那么就可能会出现一个烦人的情形：每次打开Rstudio，terminal下使用git status检查就会提示.Rproj.user/shared/notebooks/paths。

处理办法就是要彻底在远端先删除这些应该给排除的文件。这样以后才能彻底安心。具体可参看队长问答

First of all your files are already committed so you have to remove it from the repo:

# Once you add files to git, it will keep tracking them,  
# so we have to delete them and commit your deletion
git rm -r --cached .Rproj.user/**

# Commit the deleted files
git commit -m "Removed files...."

# now add it to the `.gitignore` and the files will be ignored
echo '.Rproj.user/**' > .gitignore

注意：其中最后一步echo可以手动操作，避免错误删除之前正确设定的ignore清单列表！

3.5 git忽略文件

3.5.1 配置文件

工作思路是：

• 在工作目录下新建.gitigore文件

$ touch .gitignore

• git bash调用文本编辑工具（windows死粉的notepad++），编辑并设置.gitignore文件

# 配置notepad（64bit system -windows）
$ alias notepad="/c/Program\ Files\ \(x86\)/Notepad++/notepad++.exe"

# 打开编辑器，设置忽略规则
$ notepad .gitignore

• 忽略规则的一个样例

# ignore the whole file directory

data-raw/

# ignore Rproj user info file

.Rproj.user

3.5.2 忽略文件无效及处理办法

有时候.gitignore里虽然进行了修改设定，但并不会马上生效。

此时，问题可能就出在缓存上（cash）（参看My .gitignore file is ignored by git and it does not work，或者参看Gitignore is not Working）。

解决办法是清理缓存-提交：

$ git rm -r --cached .
$ git add .
$ git commit -m "Untracked files issue resolved to fix .gitignore"

场景实例：（两台设备上）git操作时反复出现.Rproj.user/shared/notebooks/paths

处理办法（参考）：

# Once you add files to git, it will keep tracking them,  
# so we have to delete them and commit your deletion
git rm -r --cached .Rproj.user/**

# Commit the deleted files
git commit -m "Removed files...."

# now add it to the `.gitignore` and the files will be ignored
echo '.Rproj.user/**' > .gitignore

要点：**表示文件夹。

3.6 github文件超越容量限制

3.6.1 LFS安装和设定

经验法则：如果项目库中存在大于50M以上单个文件需要上传到github，则应提前设定了LFS，然后再push，否则可能会出现LFS与git（多次提交）之间的冲突，而导致push失败。

挑战的问题：git bash 命令push时，如果单个文件大于50M以上，则会提示推送失败。

参考的解决办法包括：

• Working with large files and repositories

• Versioning large files

实际的解决办法为：

• 下载安装git LFS软件

# git bash下确认是否成功安装

$ git lfs install
> Git LFS initialized.

• 配置LFS存储策略

# 追踪大容量文件所在的文件夹
$ git lfs track "data-process/"

• 提交并推送LFS

# 添加所有改动文件夹
$ git add .

# 提交并推送
$ git commit -m "add LFS directory data-process/"
$ git push origin master

• 查看所有设定的LFS文件列表

$ git lfs ls-files --all

3.6.2 LFS记录冲突报错的处理

经验法则：LFS指针回滚，与git commit的指针回滚，不是同一个概念。操作的时候要慎重决定LFS回滚数量n的确定。

如果出现了LFS记录冲突报错，具体原因一般是：git push之前忽视了大文档的存在，然后后面再进行LFS设定。这时，git 多次的commit提交，就会与LFS记录针头产生冲突（即便亡羊补牢后面进行了LFS设定）。此时，git push具体报错信息如下：

# 具体报错信息
remote: error: GH001: Large files detected.
remote: error: Trace: f22735321d76092fa67a1011835dfdcc
remote: error: See http://git.io/iEPt8g for more information.
remote: error: File mySDK.framework/mySDK is 185.09 MB; this exceeds GitHub's file size limit of 100.00 MB
To git@github.com:company/repo.git
 ! [remote rejected] master -> master (pre-receive hook declined)
error: failed to push some refs to 'git@github.com:company/repo.git'

当然，我们也是有办法先将LFS记录文档从git 仓库中先移除（可参看Remove git-lfs from Repository）。具体步骤如下：

• 步骤1：移除LFS工具，git命令为$ git lfs uninstall。

• 步骤2：把LFS记录从仓库中清除，git命令为$ git filter-branch -f --index-filter 'git rm --cached --ignore-unmatch *.psd' HEAD~18..HEAD

• 步骤3：提交到远端。git命令为$ git push

注意：

• *.psd为待移除的LFS文件，可以使用regex表达式；

• HEAD~18..HEAD是从之前的n条commit记录中清除关于LFS的设定，在这里n=18，具体以个人的实际git commit情况而定。

3.7 github帐号添加SSH key

许多 Git 服务器都使用SSH公钥进行认证。为了向Git服务器提供SSH公钥，如果某系统用户尚未拥有密钥，必须事先为其生成一份。简单说，如果本地电脑采用SSH key来与服务器对话，就能省去繁复的账号密码输入过程。

3.7.1 确认是否本地存有密钥

首先，你需要确认自己是否已经拥有密钥。默认情况下，用户的SSH密钥存储在其~/.ssh目录下。进入该目录并列出其中内容，你便可以快速确认自己是否已拥有密钥：

$ cd ~/.ssh
$ ls

3.7.2 生成SSH key

打开gitbash，输入如下代码:

$ ssh-keygen -t rsa -b 4096 -C "your_email@example.com"

• 用自己的github账号邮箱替换上面的邮箱

• 如果提示文件夹，默认即可，直接按Enter

• 如果提示密码，不设密码的话，也直接按Enter

确保已经运行密钥：

$ eval $(ssh-agent -s)

把密钥添加到本地代理：

$ ssh-add ~/.ssh/id_rsa

3.7.3 查看并拷贝密钥

默认生成路径下，可以输入如下代码查看密钥：

$ cat ~/.ssh/id_rsa.pub

拷贝到剪贴板：

$ clip < ~/.ssh/id_rsa.pub
# Copies the contents of the id_rsa.pub file to your clipboard

3.7.4 把密钥添加到github账号

• 账号登陆github

• 点击头像，下拉点击setting

• 点击SSH and GPG keys

• 点击New SSH key 或者 Add SSH key

• 粘贴密钥

• title命名备注

• 点击 Add SSH key

3.8 Github一机多账号SSH配置

需求情形：一台电脑上，可能需要使用不同的github账号（fangning 以及kevin），分别开展仓库开发和维护工作。

解决办法如下：

（1）分别在本地电脑上给两个github账号配置SSH。具体步骤参看：（节3.7： github帐号添加SSH key）。需要注意的是：

• 务必重命名两个私钥，避免覆盖。例如：~/.ssh/fangning_id_rsa和~/.ssh/kevin_id_rsa

• 私钥位置（Windows系统）：C:\Users\win-account\.ssh\

（2）全局配置两个账号的别名关系：

• 首先，在私钥文件夹下创建（若无）并编辑配置文件：C:\Users\win-account\.ssh\config。（先用txt创建，然后删除扩展.txt）

• 其次，根据上述私钥文件位置编辑配置要求，然后保存：

# Default github account: fangning
Host fangning
   HostName github.com
   IdentityFile ~/.ssh/fangning_id_rsa
   IdentitiesOnly yes
   
# Other github account: kevin
Host kevin
   HostName github.com
   IdentityFile ~/.ssh/kevin_id_rsa
   IdentitiesOnly yes

（3）打开gitbash（默认路径下），确保私钥添加到系统代理中：

# 运行私钥代理
$ eval $(ssh-agent -s)
# 添加私钥1
$ ssh-add ~/.ssh/fangning_id_rsa
# 添加私钥2
$ ssh-add ~/.ssh/kevin_id_rsa

（4）测试私钥能与github服务器通讯：

$ ssh -T git@fangning
$ ssh -T git@kevin

如果通讯成功则可以看到：Hi kevin! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.

（5）设定仓库的git配置文件（注意文件路径：path-of-your-repo/.git/config）：

[remote "origin"]
    url = git@fangning:huhuaping/wp-xian.git
    fetch = +refs/heads/*:refs/remotes/origin/*

[user]
    name = fangning@github.email
    email = fangning' github email

此处的重点有三个：一是remote url的别名git@fangning，意味着git将会使用这一别名指定下的SSH私钥；二是github仓库地址huhuaping/wp-xian.git，此处因为fangning是仓库的合作者collaborator，拥有完全权限；三是仓库git用户[user]，这里设置为fangning，也即意味着其为当前git使用者身份。第三点我们也可以使用git config user.email "fangning@github.email"，以及git config user.name "fangning' github name"进行调整。

参考资源：

• Using multiple github accounts with ssh keys

3.9 Github如何设置personal access token (PAT)

github更新安全机制，提出了PAT访问方式，以下是基本设置过程：

• 使用usethis包

• 打开一个Rstudio项目（已经git托管）

• Github创建PAT token：先在Rstudio 项目 Console中运行usethis::create_github_token()，浏览器将会自动登陆你的github网站，并引导进入PAT token设置。

• PAT token申请：有效期可以自行设定，可以按年度来。设置好后，记得copy token码（后续将无法再看到它），下面将要用到。

• 本地PAT设置：在Rstudio 项目 Console中运行gitcreds::gitcreds_set()，将会引导设置，要求输入PAT token，粘贴之前复制好的token即可。选择”2: Replace these credentials”。完成本地设置。

• 重启Rstudio 项目，检查是否设置成功。

require(usethis)

# open github website and create your PAT
## copy the token
usethis::create_github_token()

# set local git configuration
## select 2: Replace these credentials
gitcreds::gitcreds_set()

# check that your PAT has been successfully stored 
usethis::gh_token_help()

参看资源：Managing Git(Hub) Credentials see

3.10 gitee与github联通

GitHub是全球最大的面向开源及私有软件项目的托管平台，里面不缺乏大神写的优秀的开源项目，可是GitHub有一个致命的弊端，就是国内访问速度太慢了。为了解决这个问题，一个优秀的国产代码托管平台Gitee（码云）应用而生。

下面将重点介绍如何实现一个项目仓库在gitee与github之间无缝联通和同步（相关过程可参看）。

3.10.1 gitee准备

• 注册gitee账号（操作略）

• 绑定邮箱

3.10.2 gitee添加SSH key

与前面github的添加过程（见节@ref(#github-sshkey)）类似。也可以参看官方说明。

• 打开并运行gitbash

• 查看确认本地密钥情况

# 进入个人user，列出密钥
$ cd ~/.ssh
$ ls

• 生成gitee密钥（按提示完成三次Enter回车）。

# 生成SSH Key，邮箱仅作为识别符
$ ssh-keygen -t ed25519 -C "your_email@example.com" 

• 运行密钥并添加到本地：

# 确保已经运行密钥
eval $(ssh-agent -s)

# 把密钥添加到本地代理
$ ssh-add ~/.ssh/id_ed25519

• 查看密钥并拷贝密钥：

# 查看密钥
$ cat ~/.ssh/id_ed25519.pub

# 拷贝到剪贴板
$ clip < ~/.ssh/id_ed25519.pub

• 登陆gitee网站，在个人账号下添加上述复制的SSH key：安全设置 \(\Rightarrow\) SSH公钥

• gitbash添加主机到本机SSH可信列表

$ ssh -T git@gitee.com

3.10.3 将github仓库与gitee关联

考虑到主要使用github，gitee只是作为备用，因此下面介绍如何将github仓库关联到gitee。

主要步骤如下（相关过程可参看）：

• 确保github和gitee的SSH key都正确配置（参看节@ref(#github-sshkey)和节@ref(#gitee-sshkey)）

• 登陆gitee网站，通过引用github仓库进行gitee仓库创建：新建仓库 \(\Rightarrow\) 点击导入 \(\Rightarrow\) 导入GitHub仓库（需要github授权同意）\(\Rightarrow\) 选择目标仓库，点击导入。

• 使用gitbash克隆github目标仓库到本地

$ cd your-dir-path/
$ git clone git@github.com:user/your-rep.git

• 修改目标仓库的git配置文件.git/config

[remote "origin"]
  # github 地址
    url = git@github.com:user-github/your-repo.git
    # gitee 地址
    url = git@gitee.com:user-gitee/your-repo.git
    fetch = +refs/heads/*:refs/remotes/origin/*

• 此时，已经完成了github与gitee的同步关联。对本地克隆仓库的相关git操作，都会实现二者的同步变动。

3.11 git多设备协同

3.11.1 明确自己git使用的安全环境

github有多重安全条件，用户可以自行决定自己的安全等级。需要注意的是，在多台工作设备下，git需要确认不同设备的使用权限。因此，明确自己的安全环境是多设备工作的第一步：

• 是否开启两步验证。若开启，在一些重要的安全操作下（登陆账户或删除仓库），就需要获得实时动态密码（token）。动态密码的管理工具包括authy等。

• 是否设定加密SSH。简单说，如果本地电脑采用SSH key来与服务器对话，就能省去繁复的账号密码输入过程。

3.11.2 多设备git工作的基本流程

• 条件准备。主力设备A；新设备B；需要异端工作的sharerepo。

• 主力设备A：对sharerepo已完成工作进行push，上传到云端。add-commit-push三部曲。

• 新设备B：创建文件夹，并clone云端的sharerepo。

# 明确存放在本地的文件路径
$ cd /j/github/

# clone远程sharerepo到本地文件路径下
$ git clone https://github.com/huhuaping/sharerepo.git

# 进入本地sharerepo
$ cd ./sharerepo

• 工作设备下：pull-edit-add-commit-push 四部曲。

3.11.3 两步验证下如何正确地clone远程repo

• 对于私有仓库，上述方法clone会提示错误。

Repository not found. fatal: repository not found

• github托管下，两步验证法要求对新设备B设定私有进入授权码。github账号 ——>setting ——>Developer settings ——> personal access tokens ——> generate new token ——>勾选权限范围 ——> 复制授权码备用。

• gitbash中输入如下代码colone私有仓库

# tokens 也就是上述复制备用的授权码。既不是github账户登录密码，也不是两步验证动态码！
$ git clone https://username:tokens@github.com/username/repo.git

3.11.4 最后的忠告

• 在任何终端设备上工作，最后都要记得对修改进行add-commit-push三部曲操作

• 云端永远保持最新状态！

参考资料1

参考资料2

3.12 git仓库协作

3.12.1 github的两种协作模式

（1）叉取和拉取模式（fork and pull model）

任何人都可以分叉现有的仓库，并将更改推送到他们的个人分支。您不需要对源仓库的权限来推送到用户拥有的分支。这个模式在开源项目中很受欢迎，因为它减少了新贡献者之间的摩擦，并允许人们在没有预先协调的情况下独立工作

（2）仓库共建共享模式（shared repository model）

协作者被授予对单个共享仓库的推送访问权限，并且在需要进行更改时创建主题分支。这种模式在小型团队和组织在私人项目上协作时更为普遍。

参看：GitHub for collaboration and best practices (page link)

3.12.2 github多人共创协作

（1）基本准备

• 仓库所有人A创建完成github仓库

• 协作伙伴B准备好自己的github账号（包括SSH设置）

（2）仓库所有者A邀请协作者B

• A进入github 仓库，进入setting，点击collaborator，添加协作者add collaborator（输入github账号名或邮箱）

• B查阅自己的github注册邮箱，在收到的邀请信中点击同意接受邀请。

（3）协作者B在自己电脑端使用终端命令(gitbash)，拷贝A创建的源仓库。此时A和B同时具有对仓库的编辑和推送等操作权限。

（3）共创协作过程中，可能会出现“合并冲突”问题，这需要A和B共同商定处理和解决。推荐使用Rstudio提供的相关冲突解决处理界面。

参考资源：

• The Ultimate Github Collaboration Guide

• Chapter 47 Collaborating on RStudio with GitHub bookdown free online

3.12.3 git用户信息配置

（0）查看当前的配置情况：

# list settings
git config --list

（1）对单个仓库单独配置用户信息（Change Username and Email for Single Repository）：

• 首先进入仓库的工作母目录下，然后运行如下git命令：

git config user.name "Your Name"
git config user.email "your-email-address@domain.com"

• 上述git配置将会覆盖全局git配置

（2）git用户信息全局配置（Setup Username & Email Globally）

git config --global user.name "Your Name"
git config --global user.email "your-email-address@domain.com"

参考资料：

• How to know the git username and email saved during configuration? 参看

• How to View or Change Git Username and Email Address 参看

• Setting your username in Git 参看

3.13 git 自动化

3.13.1 git hooks (readme)

在编写R包时，通常会编写一个 README.Rmd 文件，然后将其呈现给 README.md。

问题是我会经常忘记渲染README.Rmd文件(rmarkdown::render('README.Rmd'))，这意味着尽管保持最新，但其他readme.html页面仍旧会落后于更新。

要做到这一点很简单（参看），只需在”.git/hooks”文件夹中创建一个名为”pre-commit”的文件，内容如下：

#!/bin/sh

if [ README.Rmd -nt README.md ]
then
        R -e "rmarkdown::render('README.Rmd')"
        git add README.md
fi

然后你只需要在Terminal窗口中$ git add .，就可以自动渲染README.Rmd文件。

注意 git add .后会生成”readme.html”文件，因此还需要再add一遍，然后再commit，最后push。

3.13.2 github action

在网页数据抓取中，github action可以实现云端无人值守的自动化数据抓取。

github action 通过.github/workflows/your-action-setting.yaml文件（可参看我的yaml file）来定义自动化工作流。

下面记录几个经验法则：

（1）github 仓库类型会影响github action的调用权限和使用次数。因此，github 仓库最好是以公开方式（public），而不是私有方式（private）。因为github action对公开型仓库可以无限制使用（参看我的covid19仓库），而对私有仓库则采取定价收费方式。

（2）虚拟机操作系统的选择也很关键。经过测试，使用macos-latest是一个比较可靠的选择。

jobs:
  # This workflow contains a single job called "generate-data"
  generate-data:
    # The type of runner that the job will run on
    runs-on: macos-latest

（3）时间规划要考虑时区问题。cron规则使用的是UTC时间（各种原因可参看博文），而UTC time = Shanghai time - 8 hours。

name: Scrape covid19 risk area
on:
  schedule:
    - cron: '30 1,4,7,11,14 * * *'   
    # UTC time = sahnghai time - 8 hours
    - cron: '30 9,12,15,19,22 * * *'  
    # shanghai time = UTC time + 8 hours

（3）renv的包环境管理可以大大节约环境准备时间。具体而言：第1步进行本地操作。本地电脑上先运行renv，并把所有需要的R包进行安装，renv::snapshot()保存好所有包记录，然后提交。第2步配置github action .yml文件。其中的一个关键在于renv的路径配置，不同的操作系统renv路径各不相同（见下表，具体参看renv官网说明）。另一个关键在于，正确指定云端runner调用缓存的R环境，包括R包。

 - uses: actions/cache@v2
        with:
          path: ~/Library/Application Support/renv #~/.local/share/renv
          key: ${{ runner.os }}-renv-${{ hashFiles('**/renv.lock') }}
          restore-keys: |
            ${{ runner.os }}-renv-
      - name: Install dependencies
        run: |
          renv::restore()
        shell: Rscript {0}

Platform	Location
Linux	~/.local/share/renv
macOS	~/Library/Application Support/renv
Windows	%LOCALAPPDATA%/renv

（4）RSelenium进行动态网站抓取。在scrape.R文件中，可以如常使用RSelenium包进行动态网站内容抓取，但是最好调用Firefox浏览器（chrome浏览器更新会带来了一些bug，例如对网站的访问限制等） 。

- uses: browser-actions/setup-firefox@latest 
      - run: firefox --version
      
      - name: Scrape the data
        run: |
          source("scrape-covid19.R", encoding='UTF-8')
        shell: Rscript {0}

相关学习资源：

• Using Github Actions as a job scheduler for R scripts (see)

• RSelenium script via GitHub actions (see twitter)

• cron syntax