第 4 章数据可视化

4.1 ggplot绘图

4.1.1 可编辑xlsx图

参考资料：

一篇博文 Exporting editable plots from R to Excel: making ggplot2 purrr with officer 链接
R包rvg，见github repo

4.1.2 中文字体

中文字体问题总是会在时不时出来捣乱。今天就碰到了ggplot2绘图时，latex pdf输出和html网页输出显示不一致的问题（类似的问题报告）。

google神搜一遍，大家普遍把问题指向：

操作系统OS问题。Linux/Mac OS普遍采用UTF-8编码格式，而Windows系统则坚持GBK编码格式。因此，如果Rstudio里Rmarkdown文件用UTF-8编码，自然就会导致Windowns粉出现悲催的混乱事件。Windowns系统下还可能存在本地字体库不全的问题。
中文字体库问题。除了系统阵营的锅，中文字体本身也会给编码世界带来混乱。其实不单是中文字体，CJK字体库就是专门为了解救中文-日文-韩文字体等东亚语言字体问题的。另外就是，字体库有“真体”（TrueType Collection 字体文件 (.ttc)）等字体版本。因此，latex包\usepackage{xeCJK}渲染时，可能会提示错误（类似报告1；报告2）
engine或dev问题。第三个锅就是软件的问题了。其一，bookdown下默认的Latex引擎pdflatex对Unicode characters支持不好，需要改用xelatex引擎（yihuixie留爪）。其二，绘图装置dev也有小九九类似报告。最关键的是绘图装置可以自己根据需要设定，包括：dev=‘cairo_pdf’；dev=‘pdf’；dev=‘svg’（见友情提示）。

具体解决办法：

（windowns系统）安装缺少的字体库。大概就先去看看”c:/windows/fonts”目录吧！。也可以在R中用package如 "showtext"来安装。——不说这个了，都是泪。
latex中设定header.tex的包调用。最重要的\usepackage{xeCJK}，大抵如下：

\usepackage{xeCJK}
%\setCJKmainfont{SimSun}
\setCJKmainfont{宋体}  % 字体可以更换
\setCJKmonofont{simsun.ttc} % for \textsf
\setmainfont{宋体} % 設定英文字型
\setromanfont{Georgia} % 字型
\setmonofont{Courier New}

Rmarkdown中设定engine和dev。这个地方倒是有一个逻辑性的问题我之前一直没有弄清楚。engine设好后（如前，最好用xelatex引擎），不同输出形式（pdf、html）对绘图转置dev需求是不一样的，因此需要考虑latex_engine和dev所处的环境。这个环境不一样，控制的范围自然就不同，但大概有三个级别：a. yaml区域的全局性- output环境； b. R代码块的文档级设置；c.特定R代码块的设置。

环境1：yaml区域的全局性设置
output: 
  bookdown::pdf_document2:
    latex_engine: xelatex
    dev: cairo_pdf

环境2：R代码块的文档级设置
{r global_options,echo=FALSE, message=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(fig.align='center', dev="cairo_pdf",
                      echo=FALSE, fig.pos = 'H') #

环境3：特定绘图R代码块环境
{r common-get-sum,echo=FALSE, dev="cairo_pdf", message=FALSE,error=FALSE,warning=F, fig.width=10,fig.height=7,fig.cap="学生累计获得通识课程学分情况"}

ggplot() +
  theme(text=element_text(family="Batang", size=12))

总结起来，最后的问题解决就是：

更改pdf全局性环境的引擎为latex_engine: xelatex。
更改pdf全局性环境里绘图装置为：dev: cairo_pdf。设好后就不要画蛇添足再在环境2或环境3中做额外配置了。因为控制范围是不一样的！html输出默认绘图转置为dev: cairo_pdf
因为字体库问题，还得在绘图R代码块里指定一个能够显示的字体。如theme(text=element_text(family="Batang", size=12))。

最后，html和pdf显示都一致啦！！

4.1.3 调用当前代码块名

既可以直接调用，马上使用代码块名（如下）：

library(knitr)
chunk_name <- knitr::opts_current$get()$label
plot(cars)

print(paste0("The current code chunk name is: ", chunk_name ))

[1] "The current code chunk name is: cars"

也可以先存储多个代码块名，后面再调取使用（见下）：

library(knitr)
ll <- opts_current$get()$label
knit_hooks$set(label_list = function(before, options, envir) {
    if(before) ll <<- c(ll,opts_current$get()$label)
})
#opts_chunk$set(label_list=TRUE)

print(paste0("The first code chunk name is: ", ll[[1]]) )

[1] "The first code chunk name is: knitr_setup"

4.1.4 图片的导出

方法1：通过ggplot2::ggsave()函数，可直接导出为位图：

# save plot
ggplot2::ggsave(filename = "pic/network-french-mps-p0.png",
       plot = p0,
       type = "cairo", # you should use this augument to save time
       device = "png")

方法2：利用officer包以及rvg包导出xlsx或word文档格式下的可编辑矢量图。

library("techme")
# here is my customed function 
techme::gg2xlsx

function (p, dir = "pic/ggsave-xlsx/", num_section = 2, num_fig, 
    names_chunk) 
{
    path_out <- paste0(dir, "Figure", num_section, "-", num_fig, 
        "-", names_chunk, ".xlsx")
    doc <- officer::read_xlsx()
    doc <- rvg::xl_add_vg(doc, sheet = "Feuil1", code = print(p), 
        width = 12, height = 7, left = 1, top = 2)
    print(doc, target = path_out)
}
<bytecode: 0x000002c8fc4340b8>
<environment: namespace:techme>

4.2 结构化数据库

在有些时候需要读取或存取大量数据，这时候结构化数据库的使用可以减少Rstudio的缓存压力，也可以保证工作流数据存取的安全性和可靠性。

4.2.1 增量写入数据表

如下代码展示的是“增量型”写入数据表的一种情形。具体应用案例，比如网页数据爬虫时，持续不断地抓取网页表格，并增量写入到本地数据库table中去。

#install.packages(c("dbplyr", "RSQLite"))
#install.packages("DBI")
library(DBI)
require(dbplyr)
require(RSQLite)

# create directory
dir.create("data/market-xian", showWarnings = FALSE)

# create database file
mydb <- dbConnect(
  RSQLite::SQLite(), 
  "data/market-xian/market.db"
  )

# append new data table(with same structure) to exist one
dbWriteTable(mydb, "mydf",tail(mtcars),
             append=TRUE,overwite=FALSE)

# show tables in the data base
dbListTables(mydb)

# show me the table
check_out <- tbl(mydb, "mydf") %>%
  as_tibble()

# disconnect to my database
dbDisconnect(mydb)

注意：tbl(mydb, "mydf")返回的是一个S3类对象 tbl_SQLiteConnection，是以list形式保存。因此R环境下需要使用as_tibble()函数进一步得到tibble形式的表格（本地dataframe）。但是在直接与SQL对话时（远程dataframe），实际上也可以不做这样的操作。（参看队长问答）。

4.2.2 保持数据列格式

在Rstudio下的tibble数据表，列变量的格式如果是日期类型date，写入SQL 数据库文件时可能会遇到格式丢失的问题。

例如”2018-12-01” 会变成 17866。

为避免这种问题的发生，需要设置extended_types = T。具体代码见下（可参看队长问答）：

# connect to database file
mydb <- dbConnect(RSQLite::SQLite(), 
                  "data/case-pollution/ozone.db",
                  extended_types = T) # important

4.3 信息可视化

4.3.1 树形图tree graph（文件结构目录树）

经验法则：a.方法1的操作更为直观。b.在.Rmd的代码块参数中，设置comment=""。

在介绍文件系统时，往往需要将文件目录关系做树形展示（file system tree）。此时我们可以用到R包data.tree。

方法1：直接列出文件路径的data.frame数据集，然后再print()。

library(data.tree)

path <- c(
    "master-SEM/mycss/my-custom-for-video-roomy.css", 
    "master-SEM/slide-chn-part1/part00-slide-intro.Rmd", 
    "master-SEM/slide-chn-part1/part00-slide-intro.html", 
    "master-SEM/slide-chn-part1/part00-slide-intro_files" )

mytree <- data.tree::as.Node(data.frame(pathString = path))

print(mytree)

                              levelName
1 master-SEM                           
2  ¦--mycss                            
3  ¦   °--my-custom-for-video-roomy.css
4  °--slide-chn-part1                  
5      ¦--part00-slide-intro.Rmd       
6      ¦--part00-slide-intro.html      
7      °--part00-slide-intro_files

方法2：手动编写目录文件关系的list数据集，然后再直接print()。

library(data.tree)

netlify <- Node$new("netlify")
  static <- netlify$AddChild("static")
    statistics <- static$AddChild("course-advanced-statistics")
    econometrics <- static$AddChild("course-econometrics")
      data <- econometrics$AddChild("data")
      pic <- econometrics$AddChild("pic")
        pic1 <- pic$AddChild("chpt1-log.png")
        pic2 <- pic$AddChild("chpt2-reg.png")
      reading <- econometrics$AddChild("reading")
        files <- reading$AddChild("cht01-history.files")
        html <- reading$AddChild("cht01-history.html")
      intro <- econometrics$AddChild("01-introduction-slide.html")
      reg <- econometrics$AddChild("02-simple-reg-basic-slide.html")
  content <- netlify$AddChild("content")
  public <- netlify$AddChild("public")
  config <- netlify$AddChild("config")
  proj <- netlify$AddChild("netlify.Rproj")

print(netlify)

                                    levelName
1  netlify                                   
2   ¦--static                                
3   ¦   ¦--course-advanced-statistics        
4   ¦   °--course-econometrics               
5   ¦       ¦--data                          
6   ¦       ¦--pic                           
7   ¦       ¦   ¦--chpt1-log.png             
8   ¦       ¦   °--chpt2-reg.png             
9   ¦       ¦--reading                       
10  ¦       ¦   ¦--cht01-history.files       
11  ¦       ¦   °--cht01-history.html        
12  ¦       ¦--01-introduction-slide.html    
13  ¦       °--02-simple-reg-basic-slide.html
14  ¦--content                               
15  ¦--public                                
16  ¦--config                                
17  °--netlify.Rproj

4.3.2 流程图flowchart

流程图（flow chart）常用于编程逻辑过程说明演示。

实现流程图绘制的主要工具包包括：

R包rstudio/nomnoml（gihub仓库）。优点：独立制图语言（sassy UML diagrams），基于nomnoml.js（演示文档），可绘制复杂的定制化流程图。缺点：一定的制图语言学习成本；未来可维护性。
R包moodymudskipper/flow（gihub仓库）。优点：基于实际代码，直观地展示流程过程。缺点：难以用于复杂的代码关系。

4.3.2.1 `nomnoml`制图

#see resource:
## template: https://www.nomnoml.com/
## github: https://github.com/rstudio/nomnoml

# renv::install("rstudio/nomnoml")
require(nomnoml)
require("webshot")
#webshot::install_phantomjs()

下图给出的是清洗过程：

#stroke: black
#direction: down
#.box: fill=#8f8 dashed visual=ellipse

[<start> start]->[<input> zone_clean0] 

[<input> zone_clean0] ->[<choice> !is.na(dname)]
  [<choice> !is.na(dname)] -> [<state> zone_clean1]
    [<state> zone_clean1] -> [<end> end]

[<input> zone_clean0] ->[<choice> is.na(dname)]
  [<choice> is.na(dname)] -> [<choice>nchar_nname > 3]
    [<choice>nchar_nname > 3] -> [<state> zone_clean2]
      [<state> zone_clean2] -> [<end> end]

  [<choice> is.na(dname)] -> [<choice>nchar_nname < 4]
    [<choice>nchar_nname < 4] -> [<choice>!is.na(zzname)]
      [<choice>!is.na(zzname)] -> [<state> zone_clean3] 
        [<state> zone_clean3] -> [<end> end]
    [<choice>nchar_nname < 4] -> [<choice>is.na(zzname)]
      [<choice>is.na(zzname)] -> [<state> zone_clean4]
        [<state> zone_clean4] -> [<end> end]

[<end> end] -> [zone_clean]

4.3.2.2 `flow`制图

# renv::install("moodymudskipper/flow")
require(flow)
#renv::install("rkrug/plantuml")
#require("plantuml")

clean_miss <- function(dt, dname, nchar_nname,zname) {
  zone_clean0 <- dt 
   if (!is.na(dname)) {
      zone_clean1 <- zone_clean0 %>%
        filter(!is.na(dname))
   } else if (is.na(dname)& nchar_nname > 3) {
      zone_clean2 <-  zone_clean0 %>%
        filter(is.na(dname), 
               nchar_nname > 3)
   } else if (is.na(dname) & (nchar_nname < 4) &   (!is.na(zname))){ 
      zone_clean3 <-  zone_clean0 %>%
        filter(is.na(dname),
               nchar_nname < 4, 
               !is.na(zname))
   } else if (is.na(dname) & (nchar_nname < 4) &   (is.na(zname))){ 
      zone_clean4 <-  zone_clean0 %>%
        filter(is.na(dname),
               nchar_nname < 4, 
               is.na(zname))
   }
}
  
flow_view(clean_miss)

4.3.3 网络图network

“Static and dynamic network visualization with R” (see blog)
ggnet2: network visualization with ggplot2 (see webpage)

# renv::install("briatte/ggnet")
# dependency pkg
library(network)
library(sna)
library(ggplot2)
library(ggnet)

# suggest pkg
library("RColorBrewer")
library("intergraph")

Example (4): French MPs on Twitter

# Example (4): French MPs on Twitter

# root URL
#r = "https://raw.githubusercontent.com/briatte/ggnet/master/"

# read nodes
#v = readr::read_delim(paste0(r, "inst/extdata/nodes.tsv"), delim = "\t")
v = readr::read_delim("data/nodes.tsv", delim = "\t")
#names(v)

# read edges
e = readr::read_delim("data/network.tsv",delim = "\t" )
#names(e)

# network object
net = network(e, directed = TRUE)

# party affiliation
x = data.frame(Twitter = network.vertex.names(net))
x = merge(x, v, by = "Twitter", sort = FALSE)$Groupe
net %v% "party" = as.character(x)

# color palette
y = RColorBrewer::brewer.pal(9, "Set1")[ c(3, 1, 9, 6, 8, 5, 2) ]
names(y) = levels(as.factor(x))

# network plot1
p0 <- ggnet2(net, color = "party", palette = y, alpha = 0.75, size = 4, edge.alpha = 0.5)

# network plot2
p1 <- ggnet2(net, color = "party", palette = y, alpha = 0.75, size = 4, edge.alpha = 0.5,
       edge.color = c("color", "grey50"), label = c("BrunoLeRoux", "nk_m"), label.size = 4)

# save plot
ggsave(filename = "pic/network-french-mps-p0.png",
       plot = p0,
       type = "cairo", # useful to save time
       device = "png")
ggsave(filename = "pic/network-french-mps-p1-new.png",
       plot = p1,
       type = "cairo",
       device = "png")

图 4.1: network graphic of french MPs on twitter (p0)

图 4.2: network graphic of french MPs on twitter (p1)

Example (3): Icelandic legal code

# Example (3): Icelandic legal code 
source("https://goo.gl/q1JFih")

x = cut_number(as.integer(net %v% "year"), 4)
col = c("#E1AF00", "#EBCC2A", "#78B7C5", "#3B9AB2")
names(col) = levels(x)

p <- ggnet2(net, color = x, color.legend = "period", palette = col,
       edge.alpha = 1/4, edge.size = "weight",
       size = "outdegree", max_size = 4, size.cut = 3,
       legend.size = 12, legend.position = "bottom") +
  coord_equal()

# save plot
ggsave(filename = "pic/network-icelandic.png",
       plot = p,
       device = "png")

图 4.3: network graphic on icelandic legal

4.4 交互Htmlwidget

4.4.1 使用webshot进行htmlwidget要素截图

R提供了丰富的可视化分析工具，而htmlwidgets包更是将一些炫酷的Javascript包进行封装，提供给R用户进行可视化分析。

然而出了html输出格式对这些htmlwidgets类支持比较完善，其他的输出格式例如pdf或word等并不支持交互的htmlwidgets类要素。

好在webshot包可以将这些动态交互的htmlwidgets类要素进行截图，从而可以实现“阉割版”的可视化输出。

详细的文档说明，可以参看yihui 在bookdown中的官方介绍：HTML widgets。

这里给出一些重要的参数设定参考：

（1）工作区全局性参数设定：

options(
# html widget for xaringan slide
  htmltools.dir.version = FALSE, 
  htmltools.preserve.raw = FALSE
  )

（2）R chunk参数全局设定：

knitr::opts_chunk$set(
  # html widget for docx,
  screenshot.force = knitr::pandoc_to("docx"),
  widgetframe_widgets_dir = 'widgets')

（3）特定R chunk代码块参数设定：

``·`{r cpi-show, screenshot.opts = list(selector = ".dataTables_wrapper"), fig.cap="DT table for word output"}
library(DT)
library(webshot)
library(htmlwidgets)
#webshot::install_phantomjs(force = TRUE)
#webshot::is_phantomjs_installed()

DT::datatable(
  cars, 
  options = list(pageLength=8,
                 dom="tip")#,
  
  #height = "100%"
  )
``.`

显然因为.Rmd文件中有部分代码块code chunk不支持MS word输出。有大神指出可以设定htmlwidget的默认行为，例如设定knitr的默认参数(option)为screenshot.force = knitr::pandoc_to("docx")。这样就可以将DT::datatable()之类不支持word输出的，转换为图片格式，从而可输出到word格式。具体可参看：贴文bookdown error when building to word doc

4.4.2 word输出下的yaml设定htmlwidget截图

如果直接在_output.yaml文件中设定MS word输出bookdown::docx_document2，往往会出现如下报错：

Error: Functions that produce HTML output found in document targeting docx output.
Please change the output type of this document to HTML. Alternatively, you can allow
HTML output in non-HTML formats by adding this option to the YAML front-matter of
your rmarkdown file:

  always_allow_html: true

Note however that the HTML output will not be visible in non-HTML formats.

Execution halted

Exited with status 1.

因此在yaml区域总是允许html要素呈现的设定总是比较保险的操作：

---
always_allow_html: yes
---

4.4.3 word输出下的htmlwidget截图区域选定

webshot包的截图定制化功能还是十分强大的。例如pdf或word输出格式下，DT::datatable()的截图，表格最后会有很大的空白行（如图4.4）。

图 4.4: webshot DT table with large margin

4.4.4 Xaringan突然不显示htmlwidget部件

正常使用Xaringan制作slide，某一天突然报错无法显示DT::datatable()和leaflet等htmlwidgets部件：

WARNING: An illegal reflective access operation has occurred
WARNING: Illegal reflective access by org.apache.poi.util.SAXHelper (file:/D:/r material/Rpackages/xlsxjars/java/poi-ooxml-3.10.1-20140818.jar) to constructor com.sun.org.apache.xerces.internal.util.SecurityManager()
WARNING: Please consider reporting this to the maintainers of org.apache.poi.util.SAXHelper
WARNING: Use --illegal-access=warn to enable warnings of further illegal reflective access operations
WARNING: All illegal access operations will be denied in a future release

widgetframe包的开发者Bhaskar V. Karambelkar专门探讨了相关问题：widgetframe and knitr（见链接）。

初步的解决办法包括：

（1）怀疑是java更新的后果（见讨论）。尝试给java降级! JRE所有版本下载链接在此（见网站）。

（2）如果问题继续出现，怀疑是Rmarkdown进行了调整，背后是pandoc版本进行了升级。具体办法见： xaringan presentation not displaying html widgets（见讨论）。

4.4.5 webshot与knitr::include_graphics()顺次问题

问题描述1：knitr+webshot htmlwidget部件与knitr::include_graphics()代码块先后关系的差异，会导致word输出显示不出来某些图片。

例如（见图4.5）：DT_table_A（正常显示图片） \(\rightarrow\) Graph_image_1（不显示图片） \(\rightarrow\) Graph_image_2（正常显示图片）。

图 4.5: webshot htmlwidget conflict with include_graphics

同样更换两种图片/截图操作的顺次，也会出现类似的问题。例如：Graph_image_1（正常显示图片）\(\rightarrow\) DT_table_A（无法显示图片） \(\rightarrow\) DT_table_B（正常显示图片）\(\rightarrow\) Graph_image_2（正常显示图片）。

上述的执行.Rmd文件代码如下：

---
title: "demo"
output:
  bookdown::word_document2:
    fig_caption: yes
    toc: no
    toc_depth: 4
    number_sections: true
    global_numbering: true
always_allow_html: true
---

newline DT table first

``'`{r check-dataset0, fig.cap="A DT table",screenshot.opts = list(selector = ".dataTables_wrapper")}
# DT table first. 
## it works and shows the webshot
DT::datatable(head(iris))
``'`

newline  a `include_graphics` image  following

``'`{r, eval=T, fig.cap= "first R logo png", fig.width=3,fig.height=2}
# a `include_graphics` image following. 
## it not work and doesn't show the image
knitr::include_graphics("pic/Rlogo-small.png")
``'`

newline another `include_graphics` image  continue

``'`{r, eval=T, fig.cap= "second R logo png", fig.width=3,fig.height=2}
# another `include_graphics` image continue
## it works and shows the image
knitr::include_graphics("pic/Rlogo-small.png")
``'`

已检查清单：

文档阅读
- yihui’s bookdown book, “2.10 HTML widgets”
环境检查
- pkg安装升级renv::update(c('bookdown','knitr','webshot','htmlwidgets'))
- 浏览器支持webshot::install_phantomjs(force = TRUE)
- 检查支持情况webshot::is_phantomjs_installed()
.Rmd yaml参数设定
- always_allow_html: true。已按要求设置。
- number_sections: true/false。打开或关闭，问题依旧。
- global_numbering: true/fale。打开或关闭，问题依旧。
word模板。即便采用默认模板（word_document2: default或者word_document: default），问题依旧存在。
R chunk参数设定：
- screenshot.force = TRUE，强制webshot，问题依旧。
- screenshot.alt = 'path/of/local/webshot_image.png'，直接调用本地截图图片，问题依旧。
htmlwidgets::saveWidget()+webshot()。对DT table进行html保存，然后再截图。能正常得到本地截图图片。
.Rmd输出为html时（html_document2:default），DT::datatable() 和knitr::include_graphic()的render结果都正常。

R工作环境：

> sessionInfo()
R version 4.1.2 (2021-11-01)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19043)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.936 
[2] LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.936   
[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.936
[4] LC_NUMERIC=C                              
[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.936    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.7         knitr_1.36         magrittr_2.0.1     here_1.0.1        
 [5] rlang_0.4.12       xlsx_0.6.5         fastmap_1.1.0      fansi_0.5.0       
 [9] tools_4.1.2        webshot_0.5.2.9002 DT_0.19.1          xfun_0.28         
[13] utf8_1.2.2         htmltools_0.5.2    ellipsis_0.3.2     yaml_2.2.1        
[17] rprojroot_2.0.2    digest_0.6.28      tibble_3.1.6       lifecycle_1.0.1   
[21] bookdown_0.24.3    crayon_1.4.2       zip_2.2.0          rJava_1.0-5       
[25] xlsxjars_0.6.1     htmlwidgets_1.5.4  vctrs_0.3.8        glue_1.5.0        
[29] evaluate_0.14      rmarkdown_2.11.3   openxlsx_4.2.4     stringi_1.7.5     
[33] compiler_4.1.2     pillar_1.6.4       renv_0.14.0        pkgconfig_2.0.3

解决方案1（部分解决）：编写代码直接对htmlwidget进行截图，然后再设置代码块chunkscreenshot.alt='pic/webshot/DT-cpi.png'，从而调用该截图图片（png、jpeg、pdf）。可参看webshot包问题反馈贴：“Webshot cuts off images with plotly widgets”见链接。

``'`{r webshot, eval=FALSE}
#tempfile = tempfile(pattern = "widgetToPng_", tmpdir ="tempfiles")
name_shot <- "DT-cpi"
filePathHTML = paste0("pic/webshot/",name_shot,".html")
filePathPNG  = paste0("pic/webshot/",name_shot,".png")


htmlwidgets::saveWidget(widget = DT-widget, file = filePathHTML) # at this stage the html is complete

webshot(url = filePathHTML, file = filePathPNG, selector = ".dataTables_wrapper")

# remove html files and dir
dir_rm<- paste0("pic/webshot/",name_shot,"_files")
file.remove(filePathHTML)
unlink(dir_rm, recursive = T)
``'`

解决方案2（暂时方案）：静态文档输出下（word/pdf等），考虑到knitr+webshot htmlwidget部件的截图呈现，与knitr::include_graphics()代码块图片呈现，存在先后关系上的影响。也即，A类代码运行在前，则A类图片后续都会显示正常，但B类代码的第一项图片会显示不正常，而后续的B类代码的图片又会显示正常。

因此，作为一个暂时解决方案，可以设定一个“虚拟”的第一项B类代码（它会不正常显示，为“隐身”该代码块，可以不设fig.cap）。

需要注意的是，在html输出下，它会“显身”并正常显示图片！总之，这个只是目前能找到的一个这种办法。后续需要改进！

写在最后：经过经两天的google放狗搜索和反复测试，这个bug始终没有得到解决。基于测试结果，先后次序上的问题，让人感觉好像是numbering自动序号的嫌疑。不知道是不是bookdown包的锅，或者是knitr的锅。

4.4.5.1 DT表格单元格自动换行

参看

采用函数办法组合换行字符串：word输出下使用"<br/>"；html下使用"\n"
使用跳出参数设置escape = FALSE：例如datatable(your-table, escape = FALSE)

第 4 章 数据可视化